St.Thomas College diseña e implementa su propio plan de estudios y trata de garantizar que los estudiantes y los maestros tengan la mayor flexibilidad posible para fomentar el verdadero aprendizaje en un niño. St.Thomas College está afiliado al Council for the Indian School Certificate Examination (CISCE). El inglés es el medio de instrucción y el Consejo administra dos exámenes públicos: el Certificado Indio de Educación Secundaria (ICSE) al final del año X y, posteriormente, el Certificado Escolar Indio (ISC) al final del año XII. Ambos exámenes se realizan anualmente en marzo.