تقوم كلية سانت توماس بتصميم وتنفيذ مناهجها الخاصة وتحاول ضمان تمتع الطلاب والمعلمين بأكبر قدر ممكن من المرونة لتعزيز التعلم الحقيقي لدى الطفل. كلية سانت توماس تابعة لمجلس امتحان شهادة المدرسة الهندية (CISCE). اللغة الإنجليزية هي وسيلة التدريس ، ويدير المجلس اختبارين عامين - الشهادة الهندية للتعليم الثانوي (ICSE) في نهاية العام X ، وبعد ذلك ، شهادة المدرسة الهندية (ISC) في نهاية العام الثاني عشر. يتم إجراء كلا الاختبارين سنويًا في شهر مارس.