সেন্ট থমাস কলেজ তার নিজস্ব পাঠ্যক্রম ডিজাইন করে এবং বাস্তবায়ন করে এবং শিক্ষার্থীদের এবং শিক্ষকদের যথাসম্ভব নমনীয়তা নিশ্চিত করার চেষ্টা করে যাতে শিশুর মধ্যে সত্যিকারের শিক্ষার প্রসার ঘটে। সেন্ট থমাস কলেজ কাউন্সিল ফর দ্য ইন্ডিয়ান স্কুল সার্টিফিকেট এক্সামিনেশন (সিআইএসসিই) এর অধিভুক্ত। ইংরেজি হল শিক্ষার মাধ্যম, এবং কাউন্সিল দুটি পাবলিক পরীক্ষা পরিচালনা করে - বছর দশকের শেষে ইন্ডিয়ান সার্টিফিকেট অফ সেকেন্ডারি এডুকেশন (আইসিএসই) এবং পরবর্তীকালে, দ্বাদশ বছরের শেষে ইন্ডিয়ান স্কুল সার্টিফিকেট (আইএসসি)। উভয় পরীক্ষা বার্ষিকভাবে মার্চ মাসে অনুষ্ঠিত হয়।