सेंट थॉमस कॉलेज अपने स्वयं के पाठ्यक्रम को डिजाइन और कार्यान्वित करता है और यह सुनिश्चित करने का प्रयास करता है कि छात्रों और शिक्षकों के पास एक बच्चे में सच्ची शिक्षा को बढ़ावा देने के लिए जितना संभव हो उतना लचीलापन हो। सेंट थॉमस कॉलेज काउंसिल फॉर द इंडियन स्कूल सर्टिफिकेट एग्जामिनेशन (CISCE) से संबद्ध है। अंग्रेजी शिक्षा का माध्यम है, और परिषद दो सार्वजनिक परीक्षाओं का संचालन करती है - वर्ष X के अंत में भारतीय माध्यमिक शिक्षा प्रमाणपत्र (ICSE) और बाद में, वर्ष XII के अंत में भारतीय स्कूल प्रमाणपत्र (ISC)। दोनों परीक्षाएं मार्च में सालाना आयोजित की जाती हैं।