Sekolah Menengah St. John ditubuhkan pada tahun 1854 dan sepanjang 161 tahunnya, telah membanggakan pendidikan generasi pelajar. Sehingga Disember 1962, sekolah ini dikendalikan oleh Jawatankuasa Pendeta Gereja St. John tetapi, dari Januari 1963, ia berfungsi di bawah perlembagaan yang dirangka oleh Jawatankuasa Pastor. Pada tahun 1999, ia dipindahkan ke Pengurusan Keuskupan dan perlembagaan baru mula berkuatkuasa pada 1 Mei 2000. Dari bulan Jun 2000, ISC (St. XI & XII) diperkenalkan di sekolah kami. Berafiliasi dengan ICSE.