Raja Rammohan Roy Academy ditubuhkan pada tahun 1950 di Caineville House di Mussoorie sebagai sekolah asrama persediaan untuk kanak-kanak lelaki dan perempuan. Ia kemudian dikenali sebagai ShishuNiketan. Sekolah ini berkembang pesat di bawah pengurusan Persatuan untuk Kemajuan Pendidikan. Pada tahun 1960, Sayap Senior dipindahkan ke kampus yang ada sekarang di Clement Town dan pada tahun 1965 Junior Wing mengikutinya.